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かつては工場だった廃虚の片隅。
スクラップ場で一台のロボットが目を覚ます。

ロボットは廃虚をさまよい歩いた末に、
菌糸に侵された状態で眠る一人の少女・トリコを見つける。

まだ幼く、か弱い女の子。

汚染されているらしく、体からはキノコが生えている。
ロボットは衰弱したトリコを助け出し、お世話をすることに。

しかし、滅亡した世界は彼女が生きていける環境ではない。
トリコを守るためには、隔離された「テラリウム」で生存できる環境を作らなければならない。